Il y a huit ans, Batman a disparu dans la nuit : lui qui était un héros est alors devenu un fugitif. S'accusant de la mort du procureur-adjoint Harvey Dent, le Chevalier Noir a tout sacrifié au nom de ce que le commissaire Gordon et lui-même considéraient être une noble cause. Et leurs actions conjointes se sont avérées efficaces pour un temps puisque la criminalité a été éradiquée à Gotham City grâce à l'arsenal de lois répressif initié par Dent.
Mais c'est un chat - aux intentions obscures - aussi rusé que voleur qui va tout bouleverser. À moins que ce ne soit l'arrivée à Gotham de Bane, terroriste masqué, qui compte bien arracher Bruce à l'exil qu'il s'est imposé. Pourtant, même si ce dernier est prêt à endosser de nouveau la cape et le casque du Chevalier Noir, Batman n'est peut-être plus de taille à affronter Bane?
Dans ce nouveau volet, Batman augmente les mises dans sa guerre contre le crime. Avec l'appui du lieutenant de police Jim Gordon et du procureur de Gotham, Harvey Dent, Batman vise à éradiquer le crime organisé qui pullule dans la ville. Leur association est très efficace mais elle sera bientôt bouleversée par le chaos déclenché par un criminel extraordinaire que les citoyens de Gotham connaissent sous le nom de Joker.
Comment un homme seul peut-il changer le monde ? Telle est la question qui hante Bruce Wayne depuis cette nuit tragique où ses parents furent abattus sous ses yeux, dans une ruelle de Gotham City. Torturé par un profond sentiment de colère et de culpabilité, le jeune héritier de cette richissime famille fuit Gotham pour un long et discret voyage à travers le monde. Le but de ses pérégrinations : sublimer sa soif de vengeance en trouvant de nouveaux moyens de lutter contre l'injustice.
Dans les années 2070, dans la citadelle de Libria, les émotions n'existent plus, supprimées par l'absorption quotidienne de Prozium. Cette drogue anti-anxiété rend les gens plus heureux et plus productifs. Les individus ont ainsi accepté de mettre de côté leur liberté pour vivre en harmonie avec leur dirigeant spirituel connu sous le nom de Père. Les personnes qui refusent de prendre leur dose sont considérées comme des rebelles et vivent en retrait de la ville. S'ils sont pris à jeun, c'est la peine de mort assurée.
John Preston travaille au service de Père et applique la loi à la lettre. Un jour, celui-ci brise le flacon de sa dose et n'a pas le temps de s'en procurer une de rechange. Il est alors submergé par toute une gamme d'émotions. Victime d'un revirement spirituel qui le confronte à ses supérieurs hiérarchiques, il mène l'enquête sur ce nouvel état de vie.
A Londres, en 2008, le jeune Quinn accompagne sa mère sur un chantier. Celle-ci supervise la construction de tunnels pour le nouveau tracé du métro. Lors du creusement, une paroi s'effondre, révélant un gouffre à la profondeur illimitée. La mère de Quinn descend dans le tunnel, mais une immense colonne de feu s'échappe du trou et tue tous ceux qui se trouvent sur son passage. Resté à l'entrée de l'excavation, le garçon assiste, médusé, à ce tragique événement. Un dragon jaillit alors du tunnel.
Vingt ans plus tard, les dragons règnent en maîtres sur une planète en ruines où chaque être humain ne représente pour eux qu'un mets de choix. Quinn est chargé de les éliminer et d'assurer la survie de sa petite communauté. Mais le combat semble perdu d'avance. Un jour, Van Zan, un militaire américain, fait son apparition et prétend connaître le moyen de tuer ces créatures cracheuses de feu.